使えるソフトの情報を共有しましょう!どんどん追加してください。
基本はフリーソフトで、そうじゃないものには(share)と表記。

解析関連ソフトウェア覚書

こちらにまとめ中。みんなでまとめていきましょう。

文献管理

Wikipediaに様々な文献管理ソフトの比較がありました。要Checkですね。
http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software

研究に有用なソフトウェア-文献管理ソフト
http://www.kenkyuu.net/comp-soft-02.html

Mendeley - Linux Mac Win
Seeeeee!!!→http://library.k.tsukuba-tech.ac.jp/ori/Mendeley.pdf
タダ。1000以上の引用スタイルを備える。Endnote web板とほぼ同等に使える(Wordのアドオンがあり文中への引用および引用リストの作成可。)。
あるあるメモ1:欲しい引用スタイルがない場合。例えばEvolutionのスタイルはMendeleyにはありませんが、Zotero.orgには2000以上の雑誌のスタイルがあり、見つかればそれをインストールすることが可能。
あるあるメモ2:引用リストにwebのアドレスが載る場合。citation style→More styles…→Include URLs and Date Accessed in BibliographiesのプルダウンメニューをOnly for websitesにすると表示されなく成る。
最近ユーザーが増えている注目株。MS OfficeやOpen Office (Libreは?)に対して引用文献の挿入&リストの作成も可能。さらにオンライン上での文献情報の共有もできる(つまりグッピー班やアノール班などのメンバー同士で論文を共有できる)。iPhoneやiPadでも自分のライブラリを利用可能。指定したフォルダ内にPDFを入れると文献情報を抽出してくれるらしいので、BibDesk?やPapersなど他のソフトと共存可能かもしれない。
BibDesk - Mac
タイトル・著者・雑誌・要旨・メモ・URL・PDFファイルなどを一括して管理できる。PubMed?やWeb of Scienceなどのデータベースを検索し、情報をそのまま取り込める。情報が全てひとつのBibtex形式テキストに保存されるので、Dropbox経由でマシン間の同期が容易。
Papers - Mac (share)
BibDesk?よりさらに洗練されてて便利。学割有り。Senteよりも使いやすい(個人的ですが)。
Sente - Mac (share)
Papersと似ているが、WordやPagesと連携してリファレンスリストの書き出しが出来る点で優れている。
Zotero - Linux Mac Win
Firefoxの拡張機能。

統計

R - Linux Mac Win
スクリプトの編集には別のテキストエディタを使うといい。
WinBUGS - Linux Mac Win
ベイズ推定のためのソフト。R2WinBUGSを使ってRから呼び出せる。2004年に開発が終了しているが、まだこれが一番使われているらしい。LinuxやMacから動かすにはwineが必要。ソースは非公開で、利用には無料ユーザー登録が必要。
OpenBUGS - Linux Mac Win
WinBUGSの後継としてヘルシンキ大学を中心にオープンソースで開発されている。まだ開発途上で、Rと連携できるのも今のところWindowsだけ。
JAGS - Linux Mac Win
R開発チームの人が作っているBUGS。上2つよりもRとの連携がスムーズだけど、できることとか速度とかではまだWinBUGSには追いついていないらしい。
MCMC++ - Linux Mac Win
C++のクラスライブラリ。Rでやるよりも高速なんだと思う。

テキストエディタ

mi - Mac Win
プログラミングに最適のエディタ。オートインデントはもちろんのこと、#includeしたヘッダファイルまで読みに行って関数や変数を色付け・補完してくれる。津田さんのRモードを使うとRのスクリプトも楽々編集できる。Windows版は開発中だが使える。
秀丸エディタ - Win(share)
学生は無料にしてもらえる。そのままでも便利だけど秀丸マクロを入れるとさらに便利になる。
サクラエディタ - Win
フリーの中では定評のあるエディタ。
Tinn-R - Win
Rと連携できる。その他の言語についても色分けなどの支援あり。Shift-JIS以外の日本語が使えない。
Emacs - Linux Mac Win
たぶん何でもできる。

日本語入力

Google日本語入力 - Win Mac
標準の変換はアホすぎると思っている方は試してみてはどうでしょうか。

インターネット

Internet Explorer - Win
別名IE。セキュリティ的に大変危険で、速度的にも激遅で、機能や使い勝手も最悪で、ウェブページを正しく描画することもできないが、最初から入っていることによって標準的に使われているブラウザ。「青い"e"がインターネットだ」と思っている人は結構多いと思われる。2009年3月にリリースされたIE 8は多少まともになっているので、古いのをお使いの方はせめてアップグレードすることをおすすめする。
Safari - Mac Win
Apple製、高速で美しいブラウザ。
  • SIMBL: Safariを拡張するための仲介役的なもの。
  • SafariGestures: マウスジェスチャ機能を追加するSIMBLプラグイン。ブラウザとして、これがあるのとないのとでは雲泥の差。
  • SafariTabMemento: 閉じたタブを記憶しておくSIMBLプラグイン。ブラウジング速度が速すぎてうっかりタブを閉じてしまうあなたに。
  • SafariDrag: いろんな操作をD&DでできるようにするSIMBLプラグイン。将来性を感じる。
  • SafariStand: 巷では定番らしい、いろんな拡張。
Opera - Mac Win
ほとんどいじらなくても始めから高機能・安全で、軽量コンパクト。独特のクセがあってカスタマイズ性が低いという難点はSafariと一緒。
Firefox - Linux Mac Win
オープンソースで開発されている、安全・高速なブラウザ。アドオンと呼ばれる拡張によってカスタマイズしていけば、自分だけの最高に便利なブラウザが完成する。
  • Download Statusbar: ダウンロードしたファイルを画面下のステータスバーで管理できる
  • SearchWP: 右上の検索バーに入っている単語をクリックするだけでページ内検索できる
  • Searchbox Sync: Googleなどの検索ボックスの内容を自動で右上の検索バーに取り込む
  • Second Search: 検索ボックスに単語を入力して、上下キーで検索エンジンを切り替えられる
  • SearchWith?: 本文中で選択した単語を、右クリックからさまざまな検索エンジンで検索できる
  • FireGestures?: マウスジェスチャを使えるようにする
  • Save Session: すべてのタブを記憶したまま終了できる
  • Google Icon: Googleの検索結果にアイコンを追加
  • GMarks: Google Bookmarksを普通のブックマークのようにサイドバーとかで扱える
  • FireFTP: FTPクライアントの機能を追加。sshにも対応。
  • IE Tab: 選択したタブのレンダリングエンジンをIEに切り替えて表示
  • Foxit Reader Plugin: ブラウザ内でPDFを開けるようにするプラグイン
  • userChrome.js:

PDF

Foxit Reader - Win
Acrobat Readerより軽い。かなり軽い。Firefox内でPDFを開けるようにするプラグインも利用可能になった!
PDFLab - Mac
一部のページを抜き出したり複数のファイルを結合したり。
Skim - Mac
Previewより微妙に便利だと思う。
PDF Split and Merge - Linux, Mac, Win
名前の通り、PDFを分割したり結合したりできる。ジャバジャバしたインターフェイスが美しくないけど、タダで、しかもどのOSでも使えるということに免じて我慢しよう。

画像編集

Adobe Illustrator や Photoshop など別にいらんのです。

GIMP - Linux Mac Win
Photoshopでできることならなんでもできる、らしい。Mac上ではX11を使って無理くり動かす感じになるので若干扱いにくい。
Seashore - Mac
GIMPをMac用に改変したもの。Macで使うならGIMPよりもこっちのほうがいいでしょう。GIMPの機能をすべてカバーするわけではないが、大概の編集はこれで足りるはず。
Inkscape - Linux Mac Win
ベクタ形式の画像を編集する。Illustratorの代わりに。
PaintBrush - Mac
Winのペイントのようなおえかきソフト。Macでも標準で付けて欲しいところ。

音声処理

Audacity - Linux Mac Win
SoundEngine - Win

セキュリティ

裸のWindowsは超危険です。必ずセキュリティ対策してください。ただし同じ種類(ウィルス対策同士とか)の常駐型ソフトは競合するので複数入れないこと。

ウィルス対策

信頼できる第三者機関AV-Comparativeのレポートを参考にするとよいでしょう。

シマンテック - Win
エフセキュア - Win
大手メーカーの常駐型ウィルス対策ソフト。どちらもtainsが一括購入して無償配布してくれているので、フリーソフトじゃ安心できないという人はこれを。
Avira Antivir - Linux Win
無料なのに有料ソフトを凌ぐ検出力を誇り、動作も軽快な常駐型ウィルス対策ソフト。自動更新の度に広告が出るのだけはフリーソフトの対価ということで我慢、それ以外は文句なし。
Sophos Anti-Virus - Mac
常駐させておける
ClamXav - Mac
オープンソースのウイルスチェックソフトウェアClamAVのGUIフロントエンド。ウィルスを発見するところまではやってくれるが、駆除は自分でやらなきゃいけないらしい。
iAntiVirus - Mac
常駐させても10Mほどメモリを食うだけなので、Macは安全!と言い切る人でも入れといて損はないはず。
BitDefender - Mac Win
常駐機能は有料
VirusBarrier Express - Mac
常駐せず手動スキャンのみ

スパイウェア対策

Spybot S&D - Win
PC内のスパイウェアをサーチしてデストロイするソフト。予防もしてくれるが、定期的にスキャンも実行すべし。
SpywareBlaster - Win
常駐しないのに感染を予防してくれる優れもの。上のやつとセットで入れとく。少なくとも月1回は手動でデータベースを更新すること。

ファイアウォール

Jetico v.1 - Win
軽くて機能十分。最初の設定とかは多少面倒。フィンランド製。v.1は開発が終了し(使えるけど)、シェアウェアのv.2のみ継続中。
Comodo Internet Security - Win
機能・重さともに評判がよく、現在も開発中。ファイアウォールだけでなく常駐ウィルス対策もできるが、そちらは切っておいてAvira Antivirに任せたほうがよい。

メンテナンス

Windowsは普通に使っているだけでファイルが断片化したり、レジストリにごみが溜まっていったりします。これらは動作を悪化させるだけでなくハードディスクへの負担にもなるので定期的に取り除いてやる必要があります。

CCleaner - Win
不要なファイルやレジストリのごみを除去。
NTREGOPT - Win
CCleanerでレジストリのごみを除去をしたあと、それらを整理して最適化する。
すっきり!デフラグ - Win
ファイルの断片化を修復する。標準装備のデフラグでは手が届かないところまで、すっきりデフラグできる。

ファイル共有 SSHFS, FTPクライアント

ファイルの送受信や、別のパソコンにあるファイルを直接編集したいときに。samba, ftp,

MacFusion - Mac
sshfs や ftp をGUIで使うことができる便利なソフト。最近更新されていないが有志の人がSnow Leopard版をアップしてくれている → こちら。MacFUSEも一緒にインストールすること。

ファイル転送プロトコル(FTP)を使用してファイルの送受信を行うとき

FileZilla - Linux Mac Win
Cyberduck - Mac
デザインが気になるマカーはこちら。(マカーってMac userのことね(^o^)/)
Firefox + FireFTP - Linux Mac Win
Firefoxのタブ内でできてしまう。ただしMacからsftpを使うにはputtyをインストール(macports経由)しておく必要がある。

ターミナルエミュレータ

Terminal.app - Mac
標準装備。黒背景にしてると青文字が見えないけどANSIカラーが変更できないという欠点はTerminalColoreopardが解決してくれた。
iTerm - Mac
LeopardのTerminalがあればいらないかも。レンダリングが遅いらしい。色の設定とか何とか微妙にこっちのほうが便利なところもある。
Poderosa - Win

圧縮解凍

Lhaplus - Win
これひとつ入れておけばだいたいは解凍できる。
The Unarchiver - Mac
同上
7-Zip - Win
時間はかかるが高圧縮の7z形式。
7zX - Mac
同上

その他

LibreOffice - Linux Mac Win
自由なオフィススイート。パワポ・ワード・エクセルの代わりに。「.doc」「.xls」「.ppt」などのファイルを編集できるのは当然のこと、国際的な標準規格として認められているオープンドキュメント形式を扱うことができるので、将来的には「代わり」じゃなくてこっちがスタンダードになると期待されている。EUを中心に政府や企業もMicrosoft Officeから移行してきているらしい。

OpenOffice?.orgをサポートしてたSunがOracleに買収されてゴタゴタし、最終的に開発コミュニティがThe Document Foundationとして独立してLibreOffice?を開発している。

ライフサイエンス辞書 - Mac Win
生物学用語を漢字に変換するときのイライラを大幅に軽減。特にMacの「ことえり」には絶対必要。これを入れれば「卵母細胞」だって一発変換できる。
iTunes - Mac Win
共有の設定をすれば河田研に自分のライブラリを公開できるし、他の人のライブラリから音楽を聴ける。
MDIE - Win
エクスプローラをタブブラウザのように使えるようにしたもの。便利。
Flexible Renamer - Win
複数のファイルやフォルダのリネームを一括で行う。連番追加や正規表現による置換などができる。
Shupapan - Mac
同じくリネームソフト。
MacPorts - Mac
UNIX向けに開発されたオープンソース・ソフトウェアを手軽にインストール・管理するためのパッケージシステム。難しい依存関係やconfigureを考えなくて済むし、アンインストールなども簡単にできる。
Graphviz - Linux Mac Win
DOT言語で記述されたスクリプトから、グラフ(nodeとedgeで構成されるネットワーク)を描画する。
Stellarium - Linux Mac Win
オープンソースで開発されてるプラネタリウムソフト。星や正座の名前や絵を表示できるはもちろんのこと、観測地点・時間・大気・光害などなどさまざまなパラメータをいじれる感動クォリティ。Google EarthのSkyよりも直感的になじみやすい気がする。
Better Touch Tool - Mac
トラックパッドやマジックマウスの操作を細かく設定できる。指の本数、動き、タッチする場所などに様々な操作を対応させられる。いつもの煩雑な操作がワンタッチにできる!かも。
StartNinja - Mac
Macのジャーンっていう起動音を消せる。OS X Lion対応。

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Last-modified: 2016-04-05 (火) 20:18:36 (532d)