Python (3系)

はじめに

このページは、Pythonに関するいろんな情報を共有するためのページです。
今後、勉強会のレジュメや議事録、お役立ちサイトへのリンクなんかも貼っていくかも。

目次

2018.11.08 Python勉強会

詳細

2018/11/08(木)
13:00〜15:00くらい @青葉山生物棟大会議室
初級〜中級者向け Python勉強会(稲田)
内容:知っ得コマンド、リスト内包表記pandas、おすすめモジュール

以下の課題をpythonの3系でやっていただいた上で参加されることをおすすめします。
めんどくさければ別にいいですが、課題ができる(調べながらでも可)、ということを前提にしています。
「普通のコマンドとか、基本的な構文とかはわかったけど、もっと楽な方法あるはず…」という方向けです。
「print? リスト? for? 何じゃそりゃ?」という方は、参加をおすすめしません。
また逆に、「リスト内包表記、pandas任せとけ!」という方にとってもあまり有益な勉強会ではないと思います。

また、この勉強会の後、牧野先生による1ライナーPerl勉強会があります(30分程度)。
そちらもぜひ、参加してくださいませ。

参加するにあたって…

参加者はpython 3.6以上をインストールしたパソコンを持参してください。
大会議室はwifi使えますが、以下の外部モジュールを事前にインストールしてもらえるとスムーズかと。
・必須(がっつり使います)
 numpy
 pandas
・推奨(簡単な紹介だけです)
 scipy
 matplotlib
 seaborn
 tqdm

20181106更新
また、以下の資料およびデータを使用します。
資料とか
事前にダウンロードしておくとスムーズだと思います。

課題

  • SNPs解析
    データ:こちら
    上のデータは、各SNP座位に対し、リファレンス型および変異型のアリルの数を集団ごとにまとめたものである。
    chr	start	end	ref/snp	strand	pop1	pop2	pop3	pop4	pop5	pop6	pop7	pop8	pop9	pop10
    Z	114430	114430	A/T	+	4:1	3:2	0:0	0:4	1:2	2:2	0:0	2:3	5:0	4:1
    Z	120387	120387	A/C	+	1:0	2:1	0:1	1:4	0:3	0:0	2:0	4:4	3:0	2:13
    Z	146470	146470	A/T	+	0:4	3:3	0:1	1:0	1:0	3:0	1:0	0:0	5:0	0:0
    Z	191415	191415	T/A	+	0:0	3:0	1:2	0:0	0:0	4:0	1:2	1:0	0:1	0:1
    
    chr : 染色体名、今回は無視していい
    start, end : 塩基番号、今回は無視していい
    ref/snp : リファレンス型と変異型のアリル、今回は無視していい
    strand : 順鎖か逆鎖か、今回は無視していい
    pop1-10 : コロン(:)の前がリファレンス型、後ろが変異型のアリルの数
    .悒謄躡属命瑤虜任眤燭そ乎弔蓮また、その座位数は?
     (4:1、3:2など、どちらのアリルももっている座位をヘテロ座位数としてカウント)
    ∧儖朷燭離▲螢襪鬚發頂属未最も多い集団は?また、その座位数は?
     (変異型のアリルの数が1以上であればカウント)
  • 発現量解析
    データ:こちら
    上のデータは、マウスの各遺伝子に対し、組織ごとの発現量をまとめたものである。
    Ensembl_id	name	affx_id	substantia_nigra	substantia_nigra	spinal_cord_upper	spinal_cord_upper	spinal_cord_lower	spinal_cord_lower …
    ENSMUSG00000073554	AC151990.6	gnf1m30192_a_at	41.5	48.7	6.5	5.9	12.3	13.8 …
    ENSMUSG00000068078	AC125199.3-203	gnf1m05889_a_at	33.8	37.8	20.1	21.2	728.1	940.9 …
    ENSMUSG00000060393	AC132334.3	gnf1m33151_at	223.7	261.8	4681.1	4470.2	6873.6	4919.7 …
    
    Ensembl_id : 遺伝子id
    name : 遺伝子名
    affx_id : 遺伝子idの別ver
    substantia_nigra以降 : 様々な組織ごとの発現量値、各組織2サンプルずつある
    34,35列目が目(eye)の発現量データである。目特異的に発現している遺伝子はいくつあるか。
     (2サンプルの平均が100以下の場合を発現していないと定義する)
    ¬榮丹枦に発現している遺伝子のうち、機能未知な遺伝子はいくつあるか。
     (数字が4つ以上続くような形式的な名前の遺伝子を機能未知と定義する)
  • 答え
    • SNPs解析
      pop9 3634
      pop2 5195
    • 発現量解析
      18
      2(1700034H14RIK, 4930451C15RIK)

添付ファイル: filedummy_SNPs.txt 102件 [詳細]

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Last-modified: 2018-11-06 (火) 17:40:11 (476d)